想去东京自由行一周，不知道路线该怎么设计

1.先说交通吧。东京中心地带地铁覆盖更密集，所以在市内玩，坐地铁最方便。可以买地铁券，有1/2/3日三种。然后像你说的远的地方就只能坐电车，电车里JR基本是利用率最高的。这个就没有什么优惠券适合你，就买张储值的交通卡，刷卡进出站比较方便。
2.然后说线路。先是泡温泉问题。你是一定要去热海呢还是能泡温泉就可以呢。东京周边泡温泉的话首选是箱根。热海就比较远了。箱根的话除了泡温泉住温泉酒店，也有一些好玩的可以玩。有兴趣就买一张箱根两日券玩两整天。
3.其余的几个景点呢。歌舞伎町就在新宿，这俩是一个地方。 然后从新宿向外延伸，东京塔和筑地市场在一条地铁线上。东京塔和表参道的距离不远，但是要换车。筑地市场又和银座不远，但是也要换车。千鸟之渊是单独的一个方向，从新宿过去也不是特别远。秋叶原就建议坐JR过去，从新宿可以直达。跟千鸟之渊可以放在一起，但是需要换车。台场呢就相对比较远了，中间跨了个海湾，你可以考虑坐船过去。不然的话就是JR了。
4.民宿呢大约分两种，一种是东京内交通方便的小公寓，一种是日本人经营的和式民居。你可能想体验这种？不过住温泉酒店大部分都是和式的啦。

大约这样，细节再问吧。